Минфин в письме от 01.11.2013 № 03-04-05/46788 пояснил, как быть с НДФЛ предпринимателю на ПСН, у которого работники трудятся в разных регионах страны, По мнению чиновников, НДФЛ с их зарплаты бизнесмен обязан перечислять в бюджет каждого такого субъекта РФ.

Так как ИП применяет ПСН, то он встаёт на учёт не только по месту жительства, но и по месту выдачи патента (п. 1 ст. 346.46 НК РФ). В случае когда индивидуальный предприниматель состоит на учёте в качестве налогоплательщика, применяющего ПСН, в нескольких субъектах РФ, суммы НДФЛ с доходов, выплачиваемых работникам, уплачиваются в соответствующий бюджет исходя из сумм этого налога, удержанного с доходов физических лиц, нанятых для работы в данном субъекте РФ.

Подробно в письме Минфина России от 01.11.2013 N 03-04-05/46788